1. Лиза ћелија и денатурација протеина
У почетној фази екстракције плазмидне ДНК, ћелије морају бити лизиране да би се ослободила ДНК унутра. Овај процес се обично постиже употребом високих концентрација соли, детерџената или ензима. У овом процесу, главна улога Триса је да одржава пХ раствора стабилним, штитећи тако ДНК од киселог окружења насталог током процеса лизе. Поред тога, Трис такође може помоћи да се изолује ДНК из лизата везивањем и денатурацијом протеина.
2. Солубилизација и стабилизација ДНК
Након лизе ћелије, плазмидну ДНК треба лизирати и изоловати од других ћелијских компоненти. Овај процес се обично постиже употребом високе концентрације соли или детерџента. У овом процесу, главна улога Триса је да обезбеди одговарајућу јонску снагу и пХ окружење за промовисање солубилизације и стабилизације ДНК. Хидроксилне и амино групе Трис могу да формирају водоничне и јонске везе са молекулима ДНК, који стабилизују његову структуру и спречавају њену деградацију. Поред тога, Трис може додатно заштитити ДНК од деградације инхибирањем активности нуклеаза.
3. Пречишћавање и опоравак ДНК
Након што се плазмидна ДНК изолује из лизата, често је потребан низ корака пречишћавања да би се уклонили заостали протеини, РНК и друге нечистоће. Ови кораци укључују екстракцију фенолом/хлороформом, таложење етанолом, итд. У овом процесу, главна улога Трис-а је да одржава стабилан пХ раствора, штитећи тако ДНК од киселог или алкалног окружења које може настати током пречишћавања. Поред тога, Трис такође може помоћи у обнављању чисте плазмидне ДНК из раствора везивањем за нечистоће и омогућавањем им да се таложе.
