Трис пуфер је уобичајено коришћен пХ пуфер који се широко користи у биохемијским експериментима. У ПЦР реакцијама, Трис пуфер инхибира активност ДНазе поред одржавања пХ стабилности. Његов механизам деловања се углавном манифестује у следећим аспектима:
1. Промените активну конформацију ДНазе: Катион у Трис пуферу може да се веже за активно место ДНазе, мењајући њену конформацију, чиме се смањује њена активност. Овај начин деловања инхибира активност нуклеаза присутних у окружењу, штитећи ДНК шаблон од деградације.
2. Конкурентна инхибиција: катјони у Трис-у могу компетитивно да се вежу за ДНК шаблон са активним центром ДНазе, чиме спречавају везивање Дназе за шаблон и смањујући његову активност деградације. Ова компетитивна инхибиција може смањити активност ДНазе узроковану нечистоћама у реакционом систему.
3. Повећајте температуру реакције: Трис пуфер има добру стабилност на високим температурама, тако да може повећати температуру ПЦР реакције. Висока температура може даље инхибирати активност ДНазе и побољшати ефикасност амплификације ДНК полимеразе. Комбиновањем високих температура са Трис пуфером, ефекти ДНазе се могу елиминисати и може се добити чистији ПЦР производ.
